El clima en San Fernando varía según la altitud, con zonas más frías en las áreas de páramo y temperaturas más moderadas en las zonas bajas. La parroquia experimenta una temporada de lluvias y una temporada seca, influenciada por los vientos alisios. Las temperaturas suelen oscilar entre los 10°C y los 18°C, dependiendo de la altitud y la época del año.

Las precipitaciones son más frecuentes entre los meses de octubre a mayo, lo que favorece la agricultura pero también puede generar inconvenientes debido a la saturación del suelo y el riesgo de deslizamientos. Durante la temporada seca, las temperaturas pueden descender en las noches, provocando heladas que afectan los cultivos y el ganado.

Las principales amenazas climáticas incluyen sequías prolongadas, heladas y lluvias intensas que pueden impactar la economía local, especialmente la agricultura y la infraestructura vía.